Już w niepodległej Polsce, Naczelnik Państwa Józef Piłsudski 13 grudnia 1918 nominował Chodźkę do rządu Jędrzeja Moraczewskiego na kierownika ww. resortuMonitor Polski z 1918 r. Nr 230, s. 1.. Następnie w gabinecie Ignacego Paderewskiego był podsekretarzem stanu. W kolejnych rządach w okresie od 13 grudnia 1919 do 26 maja 1923 ponownie stał na czele Ministerstwa Zdrowia Publicznego.
Praca w ministerstwie Stworzył podstawy: ustawodawstwa sanitarnego i koordynował scalenie systemu opieki zdrowotnej z obszarów byłych zaborów, pracy lekarzy, podstawy prawne wielu obszarów działania służby zdrowia. Ponadto jako zwolennik eugeniki, propagował działania i metody eugeniczne. Jednakże najważniejszym polem aktywności Chodźki była walka z epidemiami. W 1918 doprowadził do utworzenia Centralnego Zakładu Epidemiologicznego. Rok później uchwalono Państwową Zasadniczą Ustawę Sanitarną. Kolejnym krokiem było utworzenie Centralnego Komitetu do Walki z Durem Plamistym, a w 1920 Urzędu Naczelnego Nadzwyczajnego Komisarza do Walki z Epidemiami (NNK), gdzie w okresie od 1921-1923 Chodźko był szefem.