Po katastrofie promu Columbia rozformowano szkolone załogi, ponieważ zaszła potrzeba ograniczenia liczebności stałych załóg do jedynie dwóch astronautów. W nowym harmonogramie Kaleri znalazł się razem z Michaelem Foale w załodze dublerów Ekspedycji 7 i w załodze podstawowej Ekspedycji 8. Na pokładzie Sojuza TMA-3 astronauci wystartowali w kierunku ISS 18 października 2003. Ich lot trwał ponad 194 dni. Zakończył się 30 kwietnia 2004 lądowaniem na terenie Kazachstanu. 2005-2006 – kontynuował treningi do kolejnego lotu (Ekspedycje 15-17) na ISS, ale ostatecznie nie przydzielono go do konkretnej misji. 30 października zachowując uprawnienia aktywnego kosmonauty został zastępcą naczelnika oddziału kosmonautów RKK Energia. 2007-2009 – w sierpniu 2007 powierzono mu kolejną misję. Początkowo miał być to udział w Ekspedycji 23Harmonogram lotów do MKS opublikowany przez Roskosmos 21 września 2008.. Na stację kosmiczną miał się udać na pokładzie testowanego po raz pierwszy w kosmosie zmodyfikowanego statku Sojuz-TMA. Z powodu opóźnień start nowego statku przełożono i ostatecznie załogę Kaleri, Skripoczka i S. Kelly przesunięto do podstawowego składu Ekspedycji 25/26. 2010 – 7 października (czas UTC) udał się w kosmos po raz piąty jako dowódca statku Sojuz TMA-01M.