Ci przekazują komandosom kolejne zadanie od ich dowództwa, polegające na powstrzymaniu prób ucieczki niemieckich maruderów z zagrabionymi w Czechosłowacji dobrami do Niemiec. Oddział zajmuje czeskie miasteczko, przez które ma przechodzić szlak transportowy, a następnie niszczy nieprzyjacielski konwój, udaremniając zamiary nieprzyjaciela. W ostatniej misji w grze drużyna dostaje zadanie zabicia oficera SS, planującego tworzenie powojennej niemieckiej partyzantki i zdobycie dokumentów na ten temat. Oficer ukrywa się w starym, czechosłowackim bunkrze granicznym, który komandosi zdobywają po ciężkiej walce i likwidują wszystkich nieprzyjaciół. Wtedy na teren przybywa oddział Armii Czerwonej, którego dowódca domaga się oddania dokumentów znalezionych przy oficerze SS. Komandosi odmawiają, po czym dochodzi do bratobójczej walki, w której giną wszyscy żołnierze sowieccy, a drużyna gracza ewakuuje się w bezpieczne miejsce.
Hidden & Dangerous 2: Sabre Squadron Wydany w 2004 roku dodatek do gry pt. Hidden & Dangerous 2: Sabre Squadron oferuje dodatkowych 9 misji w trzech kampaniach.