W sezonie 2014/15 rozegrał 32 spotkania w lidze i strzelił 9 bramek. Ponownie wygrał ligę z Bawarczykami. Dotarł do półfinału Pucharu Niemiec, w którym to Bayern Monachium przegrał w rzutach karnych z Borussią Dortmund 2:0 (1:1 w meczu). Ogólnie rozegrał 4 mecze i strzelił 2 bramki w tych rozgrywkach. W Lidze Mistrzów rozegrał 11 spotkań i strzelił 4 bramki. Dotarł do półfinału tych rozgrywek, gdzie Bawarczycy ulegli FC Barcelonie 5:3 (porażka 3:0 na Camp Nou i zwycięstwo 3:2 na Allianz Arena).
Sezon 2015/16 był dla niego bardzo nieudany z powodu kontuzji, której doznał w meczu z Irlandią. W lidze rozegrał 14 spotkań (3-krotnie wchodząc z ławki i 4-krotnie był zmieniany w trakcie meczu) i zdobył 3 bramki. Ostatecznie Bayern Monachium po raz kolejny zdobył tytuł mistrza, lecz Götze nie był przodującą postacią w sezonie. W Pucharze Niemiec rozegrał tylko jedno spotkanie, w którym jedynego gola w tej edycji tych rozgrywek. Puchar ponownie zdobyli Bawarczycy. W Lidze Mistrzów rozegrał 2 mecze i zdobył 2 bramki. I tym razem Bayern został zatrzymany w półfinale przez Atlético Madryt. Wynik w dwumeczu wyniósł 2:2, lecz Atlético wygrało stosunkiem bramek na wyjeździe (porażka 1:0 w Madrycie i zwycięstwo 2:1 w Monachium).