W 1932 roku, po sześciu latach przerwy, rozgrywki zostały wznowione na innych zasadach przez nowo powstały Meksykański Związek Piłki Nożnej. Oficjalny patronat nad konkursem objął prezydent Meksyku, Lázaro Cárdenas. Pierwszym zdobywcą Copa México został Club Necaxa. W 1943 roku rozgrywki Copa México wkroczyły w erę zawodową, podobnie jak ówczesna liga meksykańska. W turnieju o Puchar Meksyku mogły brać udział jedynie kluby z Liga Mayor, jednak od 1950 roku także zespoły z drugiej ligi.
W sezonie 2012/2013 rozgrywki o Puchar Meksyku zostały wznowione po piętnastu latach przerwy pod nazwą Copa MX. Pierwszym triumfatorem Copa MX została drugoligowa drużyna Dorados de Sinaloa, zostając pierwszym klubem, który wywalczył krajowy puchar podczas gry na zapleczu najwyższej klasy rozgrywkowej.