W 1993 roku Miejski Ogród Zoologiczny „Wybrzeża” w Gdańsku Oliwie zostaje przyjęty do EAZA – Europejskiego Stowarzyszenia Ogrodów Zoologicznych i Akwariów. W 1997 roku Zoo przystępuje do Międzynarodowego Systemu Rejestracji Gatunków – SPECIES 360 oraz IZE – Międzynarodowej Organizacji Edukatorów Zoo. W 2001 roku do dyspozycji zwiedzających oddano pierwszą część pawilonu ptaszarni i gadziarni. Od 2003 roku, po uruchomieniu drugiej części, można w ciągu całego roku podziwiać na ekspozycji między innymi, około 30 gatunków papug oraz 16 gatunków gadów. Jesienią 2005 roku oddano do użytku nowe pawilony małpiarni z całoroczną, nową ekspozycją zwierząt. Ukończono projekty budowy pawilonów żyraf oraz 2 hektarowego wybiegu dla lwów, które pojawiły się w gdańskim zoo w dniu 05.10.2014.
31 grudnia 2023 zoo zamieszkiwało 146 gatunków zwierząt (859 sztuk): ssaki – 68 gatunków (468 sztuk) ptaki – 45 gatunków (296 sztuk) gady – 28 gatunków (93 sztuki) płazy – 1 gatunek (2 sztuki) Frekwencja w roku 2024 wyniosła 589 177 zwiedzających.