W roku 2001 Francuz pełnił funkcję kierowcy testowego francuskiej stajni F1 – Prost Grand Prix. W tym samym czasie podpisał kontrakt z włoską ekipą Venturini Racing, na starty w World Series by Nissan. W połowie sezonu zakończył jednak działalność w serii (zdobyte punkty pozwoliły mu zająć 9. pozycję w końcowej klasyfikacji), na rzecz startów w Międzynarodowej Formule 3000. Rywalizując w juniorskiej ekipie czterokrotnego mistrz świata F1 – Alaina Prosta – Francuz nie zdobył jednak żadnego punktu spośród czterech wyścigów, w których brał udział. Najlepiej spisał się podczas wyścigu w Wielkiej Brytanii, gdzie zajął 9. miejsce.
W kolejnych dwóch latach Cochet kontynuował starty w World Series by Nissan, zajmując w sezonie 2002 13. pozycję (Jonathan nie brał udziału we wszystkich wyścigach). Poza tym w roku 2002 wystąpił w kilku wyścigach Formuły Nippon, jednakże bez sukcesu.
W latach 2005–2006 Cochet rywalizował w wyścigach długodystansowych – Le Mans Series, natomiast w sezonach 2001–2007 w 24-godzinnym wyścigu Le Mans. W latach 2006–2007 brał udział w amerykańskiej serii Grand-Am. W sezonie 2006 pełnił funkcję kierowcy testowego francuskiej stajni Renault.