W większości dolinę porasta monokultura świerka a naturalnie występującymi drzewami są jawor, grab, wiąz, buczyna zajmują one niewielką powierzchnię w wyniku wcześniejszej złej gospodarki leśnej.
Topografia Dolina usytuowana jest na linii północny zachód – południowy wschód. Jest to tzw. kierunek sudecki, typowy dla większości pasm w Sudetach, uwarunkowany specyficznymi procesami geologicznymi, a szczególnie tektonicznymi. Prawie cały główny masyw Gór Stołowych położony jest w obrębie Śródsudeckiej strefy ścinania. Uskok ramowy zapadliska Kudowy przesuwa się na wschód i na obszarze Gór Stołowych wyznacza południową granicę rowu tektonicznego Czerwonej Wody równoległą do Śródsudeckiej strefy ścinania. Rów tworzy podłużne obniżenie w Górach Stołowych i wyznacza granice Doliny Czerwona Woda.
Działalność człowieka Ingerencja człowieka na teren doliny nastąpiła bardzo wcześnie o czym świadczą stare drogowskazy drogowe, już w średniowieczu przez dolinę poprowadzono szlaki handlowe Praski Trakt i Kręgielny Trakt. W latach 70. XIX wieku w górnej części doliny wybudowano Drogę Stu Zakrętów. Największa degradacja doliny nastąpiła na przełomie XIX i XX wieku.