W 1644 w wieżę kościoła uderzył piorun, co spowodowało jej zniszczenie. Kolejna tragedia nadeszła 16 kwietnia 1689, gdy podczas ogromnego pożaru miasta spaliła się też świątynia, z której pozostały tylko mury. Dzięki ofiarności mieszkańców kościół został odbudowany w zaledwie trzy lata i już w 1692 na nowo odbywały się w nim nabożeństwa. W 1776 po raz kolejny spłonęła wieża. W 1881 zrobiono remont kościoła i w takim stanie przetrwał on aż do końca II wojny światowej, gdy został bardzo poważnie uszkodzony w trakcie wyzwalania Świdwina.
Po II wojnie światowej Po wojnie, świątynia przejęta przez Kościół katolicki, została poświęcona 21 grudnia 1947. W tym też roku zawiązał się Komitet Odbudowy Kościoła, który zaczął prace odbudowy już w 1948 roku. 16 grudnia 1982 kościół konsekrowano.
Po roku 1984, wraz z przybyciem do parafii nowego proboszcza – ks. Tadeusza Piaseckiego, zapoczątkowano proces osuszania świątyni, położono nowy miedziany dach oraz wyremontowano kaplicę Matki Bożej Ostrobramskiej.
W latach 90. XX wieku rozpoczęła się renowacja wieży kościoła, którą początkowo prowadził proboszcz ks. Jan Wszołek (w latach 1995–2005), a następnie ksiądz proboszcz Ryszard Kizielewicz (od 2005).