Ze względu na obecność gór, opady są wysokie. Generalnie na terenach górskich średnio w ciągu roku spada 900 mm opadów. Na obszarach gór wysokich opad wynosi ponad 1000 mm rocznie, a nawet sięga 2000 mm. Najniższe opady występują na południu i na wschodzie. Średnie wartości wynoszą od 500 do 750 mm. Lokalnie na południowym wschodzie wartości opadowe mogą wynosić poniżej 500 mm. Na nizinach zdarzają się susze, dlatego też stosuje się sztuczne nawadnianie. Największe opady występują latem. Opady śniegu występujące zimą mają miejsce na całym obszarze Słowacji, śnieg w górach utrzymuje się do średnio do maja.
Wody thumb|left|250px|Wodospad Rohacsky
Słowacja ma gęstą sieć rzeczną, której 96% należy do zlewni Dunaju (zlewisko Morza Czarnego), a pozostałe 4% – do zlewni Wisły (zlewisko Morza Bałtyckiego). Największe rzeki Słowacji (według przepływu) to: Dunaj, Wag (Váh), Hron, Morawa (Morava), Bodrog, Latorica, Laborec, a najdłuższe – Wag (Váh; 403 km), Hron (284 km), Ipola (Ipeľ;