W 1945 został kierownikiem Wydziału Przemysłu Materiałów Budowlanych i Gospodarki Przestrzennej przy KC KPD, a w 1948 kierownikiem Wydziału Gospodarki Komitetu Centralnego Niemieckiej Socjalistycznej Partii Jedności (SED). Po utworzeniu na terytorium radzieckiej strefy okupacyjnej 7 października 1949 Niemieckiej Republiki Demokratycznej Stoph stał się jednym z jej najaktywniejszych funkcjonariuszy.

W 1950 został deputowanym do Izby Ludowej (parlamentu NRD) oraz członkiem KC SED (partii, która w systemie politycznym NRD sprawowała funkcję nadrzędną w stosunku do władz państwowych). Od 1950 do 1952 był przewodniczącym Komisji Izby Ludowej ds. gospodarki oraz kierownikiem Biura ds. gospodarczych przy Radzie Ministrów. Od 1950 do 1953 był równocześnie sekretarzem KC SED. W latach 1952–1955 sprawował urząd pierwszego ministra spraw wewnętrznych. Na tym stanowisku podlegały mu wszystkie zbrojne organy państwa; współorganizował Skoszarowaną Policję Ludową (Kasernierte Volkspolizei – KVP), której szefem był w latach 1955–1956, oraz ministerstwo bezpieczeństwa (MfS, tzw. Stasi).