Klasyfikacja jakości wód, bonitacja wód – system podziału wód powierzchniowych i podziemnych na podstawie ich jakości, czyli szeroko rozumianego stanu ekologicznego. W krajach Unii Europejskiej stosowany jest system pięcioklasowy. Ocenę jakości przygotowuje się na podstawie różnego typu wskaźników jakości wód. Klasyfikacji wód dokonuje się poprzez porównanie miarodajnych stężeń zanieczyszczeń i struktury zasiedlających je biocenoz określonych wskaźnikami z normatywnymi stężeniami zanieczyszczeń i strukturą biocenoz referencyjnych określonymi w dokumentach instytucji zajmujących się ochroną środowiska lub gospodarką wodną. Oceny stanu wód dokonuje się dla celów naukowych i praktycznych, gdyż pewne zastosowania wody wymagają jej odpowiedniej jakości.
Unia Europejska Zasady obowiązujące w całej UE Podstawy klasyfikacji, jak i prezentacji stanu wód powierzchniowych i podziemnych reguluje ramowa dyrektywa wodna (RDW). W tym ujęciu ocenie podlega stan wód nie tylko traktowanych jako zasoby gospodarcze, ale przede wszystkim jako element ekosystemu. Oceniony stan ekologiczny jest porównywany ze stanem referencyjnym, tj. zbliżonym do naturalnego, a poszczególne klasy odpowiadają stopniowi odchylenia od pożądanego stanu referencyjnego.