Kapitan Simpson podczas lotu 14 listopada porównał współrzędne widniejące na planach lotu z tymi, które załoga wprowadziła do pokładowego systemu nawigacyjnego. Dostrzegł ogromne różnice, o czym niezwłocznie poinformował sekcję nawigacji linii lotniczych. W noc poprzedzającą lot współrzędne zostały skorygowane, o czym załoga lotu 901 nie została poinformowana. Plan lotu przekazany pilotom o poranku 28 listopada, który następnie został ręcznie wprowadzony do komputera pokładowego, różnił się od planu przedstawionego 19 dni wcześniej (na jego podstawie kapitan w noc poprzedzającą lot wykonał notatki). Różnica polegała na tym, że plan przedstawiony na spotkaniu organizacyjnym zakładał ominięcie wulkanu w bardzo dużej odległości, z kolei ten, który rankiem przekazano załodze, obejmował lot ponad szczytem wulkanu. W przeciwieństwie do pierwszej, druga trasa mogła doprowadzić do kolizji z wulkanem przy locie poniżej 13 000 stóp (4000 metrów).