Papież sprzeciwił się decyzji synodów i odwołał uczestniczących w nich biskupów.

Początek konfliktu z patriarchą Focjuszem W 858 wybrano nowego patriarchę Konstantynopola, Focjusza. Został on wyświęcony po wygnaniu swego poprzednika Ignacego przez cesarza. Ignacy I, zmuszony do rezygnacji, oraz jego zwolennicy uważali jednak Focjusza za uzurpatora – kiedy więc Focjusz poinformował listownie papieża o objęciu urzędu, Mikołaj uznał, że spór między obiema stronami musi zostać rozpatrzony przed przyjęciem nominacji. Wysłani legaci zostali przyjęci z poważaniem i wraz z całym soborem w Konstantynopolu uznali, że prawowitym patriarchą jest Focjusz. Mikołaj postanowił jednak wykorzystać sytuację do podniesienia rangi Stolicy Apostolskiej, stwierdził, że legaci przekroczyli swoje kompetencje i po rozpatrzeniu kwestii na nowo na soborze w Rzymie osądził, że patriarchą jest Ignacy, Focjusza zaś pozbawił godności kapłańskiej.