Tu również 17 marca 1642 zakończył życie kanclerz wielki koronny Jakub Zadzik.

Od 1640 Bodzentyn wysyłał jednego kandydata na studia bakalarskie do Akademii Krakowskiej. Po zdobyciu wykształcenia był on zatrudniany w miejscowej szkole. W 1670 w Bodzentynie wzniesiono obszerny ratusz z wysoką wieżą i zegarem. Fundatorem okazałej budowli był biskup Andrzej Trzebicki. Od 1692 miasto posiadało fundację Jana Łuczkiewicza wspierającą rzemiosło, nauczycieli i uczniów. W czasie reformacji znajdowała się tu siedziba sądu biskupiego, który zajmował się sprawami odstępstw od wiary katolickiej.

W czasie potopu szwedzkiego miasto nie poniosło większych szkód. Wkrótce później zostało jednak dotknięte przez klęski żywiołowe, które spowodowały zmniejszenie się liczby mieszkańców. W latach 1662–1663 Bodzentyn miał 134 domy i ok. 850 mieszkańców. W 1674 był zamieszkiwany już tylko przez ok. 540 osób.