Wiek XX Początek XX wieku przyniósł ze sobą dalszy wzrost ludności. W 1909 Bodzentyn liczył już 3316 stałych mieszkańców, z czego 1474 Żydów, 9 prawosławnych i 6 protestantów. 20 czerwca 1917 drewnianą w większości zabudowę miejscowości strawił pożar. Uszkodzeniu uległ dach kościoła parafialnego. Doszczętnie spłonęła synagoga przy ulicy Bożniczej. centruj|mały|300x300px Według pierwszego międzywojennego spisu z 1921 osada liczyła 3570 mieszkańców, a w przededniu wojny 3853 osoby.
W okresie II wojny światowej Bodzentyn był silnym ośrodkiem ruchu partyzanckiego w Górach Świętokrzyskich, wielu jego mieszkańców wstąpiło do leśnych oddziałów. Walczyli m.in. pod dowództwem Jana Piwnika „Ponurego”. Na odległym od miasta o kilka kilometrów Wykusie, znajdowała się duża leśna baza żołnierzy AK. Dlatego też 1 czerwca 1943, w ramach represji i w odwecie za działalność partyzancką bodzentynian Niemcy przeprowadzili w mieście pacyfikację. Ich silny oddział, stacjonujący w Świętej Katarzynie o świcie okrążył miasto i dokonał rewizji wszystkich domostw i obejść. Niemal wszystkich mieszkańców, z wyjątkiem drobnych dzieci, spędzono na rynek. Tutaj kolejno sprawdzano ich tożsamość i korzystając z informacji szpicli dokonywano egzekucji wybranych osób z użyciem amunicji dum-dum. Tego dnia zginęło w mieście łącznie 39 osób.