Inne wyzwania – środowiskowe – polegają na odnalezieniu określonych przedmiotów albo miejsc, za co gracz nagradzany jest związanymi z nimi opowieściami. Kolejnym rodzajem tych wyzwań jest identyfikowanie w trybie detektywa niewidocznych inaczej znaków zapytania, do czego konieczne jest ustawienie się w odpowiednim miejscu. Po zaliczeniu określonej liczby wyzwań Batman musi ratować cywilów uwięzionych przez Człowieka-Zagadkę w śmiertelnych pułapkach.
Po ukończeniu Arkham City na poziomie trudności normalnym lub trudnym odblokowywany zostaje tryb nowej gry plus, pozwalający rozegrać fabułę od nowa, zachowując wszystkie zdobyte wcześniej gadżety, umiejętności i doświadczenie. W trybie tym wrogowie są trudniejsi do pokonania i wyłączone zostają ikony ostrzegające o nadchodzących atakach. W grze dostępne są również mapy wyzwań niepowiązane z fabułą. Każda z nich stawia przed graczem określony cel do zrealizowania, jak chociażby wyeliminowanie fal wrogów, eliminowanie przeciwników w trybie skradania się, pozostając niezauważonym, czy jak najskuteczniejsze przemieszczanie się po mieście.