W 1939 r., po wkroczeniu Armii Czerwonej na tereny północno-wschodniej Polski został wyznaczony przez władze tymczasowe do zorganizowania archiwum państwowego, otrzymał też stanowisko rejonowego inspektora oświaty, był również nieetatowym lektorem KR KP(b)B.

Przez pewien czas był redaktorem gazety „Nowe Życie” wydawanej w Grajewie (od maja 1940 roku przemianowane na Białoruskie „Nowajo Życio”). Brał czynny udział w kampanii do (zorganizowanych w pośpiechu przez okupanta) wyborów do Zgromadzenia Ludowego Zachodniej Białorusi (22.10.1939 r.). Agitował do głosowania na łamach prasy i organizowanych przez nową władzę wiecach : (cytat z: L. Kłodecki, Życie poświęcę dla szczęścia narodu, Nowe Życie, nr 5 z 25.10.1939, s. 1).Działalność ta w późniejszym czasie była uznana przez Władze Polski Podziemnej jako akt kolaboracji z okupantem. Jako wybrany przedstawiciel okręgu grajewskiego, brał udział w obradach pierwszej sesji Zgromadzenia Ludowego (Białystok 28-30.10.1939 r.) podczas której wystąpiono z inicjatywą przyłączeniem terenów do ZSRR jako „Zachodnia Białoruś”.

W czasie okupacji niemieckiej Kłodecki był poszukiwany przez Gestapo. Ukrywał się m.in.