W okresie XIV-XVI wieku, kasztelania wyszogrodzka, na której terenie leżała parafia Dobrcz, wchodziła w skład archidiakonatu włocławskiego. Potwierdzają to dokumenty z lat 1325-1327 oraz źródła z 1503 roku. W latach 1327-1479 parafia była częścią dekanatu bydgoskiego, który przed 1577 rokiem przeszedł do archidiakonatu kruszwickiego, obejmującego trzy dekanaty: bydgoski, inowrocławski i kruszwicki. W 1753 roku parafia Dobrcz przeszła do dekanatu fordońskiego, który należał do archidiakonatu pomorskiego.
Znaczące zmiany w strukturze terytorialnej parafii przyniosła bulla "De salute animarum" z 1821 roku, która wprowadziła zmiany w granicach diecezji chełmińskiej, włocławskiej i gnieźnieńskiej. Na podstawie tej bulli, parafia Dobrcz została przyłączona do diecezji chełmińskiej. Spis parafii z 1848 roku wymieniał wsie: Dobrcz, Trzeciewiec, Gądecz, Kusowo, Borówno, Pauliny, Marcelewo, Karczemka, Zalesie, Kotomierz, Trzebień, Sienno, Franciszkowo i Hutna Wieś. Powstałe w XIX wieku osady były efektem separacji gruntów dworskich i włościańskich przez rząd pruski, lecz nie wpłynęły znacząco na terytorium parafii.