Rankiem 24 stycznia kolonistów wystraszył widok dwóch francuskich okrętów wpływających do Zatoki Botanicznej. Okazało się jednak, że to ekspedycja naukowa, na czele której stał markiz Jean-François de La Pérouse. Francuzi mieli nadzieję zastać w tym miejscu kwitnącą kolonię, gdzie mogliby dokonać napraw swych statków i uzupełnić zaopatrzenie. Tymczasem zastali dopiero co przybyłą flotę i skazańców będących w stanie znacznie gorszym niż oni sami. Francuscy i brytyjscy oficerowie nawiązali serdeczne stosunki, ale Phillip i La Pérouse nie spotkali się. Okręty francuskie zostały w Zatoce do 10 marca, ale nigdy nie powróciły do Francji. Rozbiły się na rafach wyspy Vanikoro, a wszyscy członkowie załóg padli ofiarą kanibaliDavid Hill, 1788.
26 stycznia 1788 statki floty podniosły kotwice i pożeglowały do Port Jackson. Tutejsze dobrze osłonięte kotwicowisko było głębokowodne i bardzo bliskie brzegu, a w pobliżu wpadał do zatoki niewielki strumień. Phillip nazwał to miejsce „Sydney Cove”, dla upamiętnienia Lorda Sydney, brytyjskiego Home Secretary.