Zgodnie z wymogami RDW przy określaniu substancji priorytetowych należy kierować się zasadą ostrożności i opierać na naukowej ocenie potencjalnego ryzyka. Wśród substancji priorytetowych wyróżnia się ponadto grupę priorytetowych substancji niebezpiecznych (co nie oznacza, że pozostałe substancje priorytetowe są nieszkodliwe). W ich przypadku wymagana jest całkowita eliminacja zrzutów i emisji. O ile polityka ekologiczna w ogóle powinna polegać na ograniczaniu wprowadzania przez człowieka jakichkolwiek substancji do ekosystemów naturalnych, zwłaszcza zaburzających ich funkcjonowanie (np. biogenów przyspieszających eutrofizację), o tyle w przypadku substancji priorytetowych powinna być ostrzejsza i polegać stopniowej (zgodnie z zasadami zrównoważonego rozwoju) redukcji, a w przypadku priorytetowych substancji niebezpiecznych na całkowitej eliminacji wprowadzania do ekosystemów, tak aby docelowo prowadzić do stanu, w którym ich stężenie odpowiada naturalnemu stężeniu tła, a w przypadku substancji syntetycznych jest bliskie zera.