Latem 2005 Cabrera został zawodnikiem zespołu CF Pachuca, gdzie od razu wywalczył sobie niepodważalną pozycję w linii obrony. W wiosennym sezonie Clausura 2006 wywalczył z ekipą trenera José Luisa Trejo swoje pierwsze mistrzostwo Meksyku, a przez kolejne dwa lata był jednym z najważniejszych graczy zespołu prowadzonego przez Enrique Mezę, który osiągał sukcesy zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej. Jeszcze w 2006 roku zajął z Pachucą drugie miejsce w krajowym superpucharze – Campeón de Campeones, a także triumfował w południowoamerykańskich rozgrywkach Copa Sudamericana. W sezonie Clausura 2007 po raz drugi został mistrzem Meksyku, a w tym samym roku zdobył Puchar Mistrzów CONCACAF, wygrał rozgrywki SuperLigi i zajął drugie miejsce w superpucharze Ameryki Południowej – Recopa Sudamericana. Wziął także udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, zajmując na nich szóste miejsce. W 2008 roku po raz drugi z rzędu triumfował w północnoamerykańskim Pucharze Mistrzów, jednak wówczas pełnił już mniej regularnie pojawiał się na boiskach.