Długość nieuregulowanej rzeki zmienia się ciągle, szczególnie po powodziach: stare zakola zostają odcięte jako starorzecza, powstają nowe, rzeka na długich odcinkach płynie kilkoma ramionami o różnej długości, które zmieniają się na przestrzeni lat.

Bieg rzeki thumb|Ujście Amazonki thumb|Amazonka Płynie przez Peru i Brazylię oraz częściowo, jako rzeka graniczna, przez Kolumbię. Źródła Amazonki znajdują się w peruwiańskich Andach na wysokości 5170 m n.p.m. Według jednej z propozycji wypływa ze stoków góry Quehuisha małym potokiem o nazwie Apacheta znajdującym się w departamencie (regionie) Arequipa. Drugą rozpatrywaną alternatywą jest potok Carhuasanta, który według pomiarów hydrometrycznych prowadzonych przez czeskich naukowców miał wprawdzie w latach 1999 i 2000 mniejsze natężenie przepływu wody od Apachety, jednak na przestrzeni lat 1999 do 2009 stawał się stopniowo strumieniem o coraz większym znaczeniu i w 2009 roku jego natężenie przepływu wody było wyższe od zarejestrowanego dla Apachety – zdaniem autorów publikacji wyniki ich badań prowadzą do wniosku, że sprawa źródeł Amazonki nie została jeszcze jednoznacznie rozstrzygnięta.

Do jej ujścia w Atlantyku płynie w kierunku wschodnim przez Nizinę Amazonki.