Służył następnie poza marynarką w Poselstwie Austro-Węgier w Pekinie, jako komendant straży.
Bogumił Nowotny został następnie dowódcą torpedowca „Würger" (Tb 37), a od lipca 1914 – niszczyciela starszego typu, SMS „Scharfschütze”, na którym służył podczas I wojny światowej na Adriatyku, biorąc udział w akcjach bojowych. Odznaczył się zwłaszcza w brawurowym rajdzie na włoski port na początku działań przeciwko Włochom. W maju 1917 awansował na stopień komandora porucznika (Fregattenkäpitan) i został komendantem jednej z twierdz na wyspach adriatyckich. Został następnie dowódcą starego pancernika SMS „Erzherzog Karl”.
W czerwcu 1918 został zwolniony ze służby austro-węgierskiej i przydzielony jako referent do spraw żeglugi przy Radzie Regencyjnej. Organizował przy pomocy polskich marynarzy z dawnych flot zaborczych przejęcie żeglugi wiślanej od Niemców.