Ze stanowiska trenera Cruz został zwolniony w kwietniu 2010 po nieudanym sezonie w wykonaniu Atlante – ekipa z Cancún zajęła wówczas dopiero szesnaste, trzecie od końca miejsce w lidze.
W maju 2010 Cruz został trenerem zespołu Jaguares de Chiapas z siedzibą w Tuxtla Gutiérrez, bezpośrednio po przejęciu tego klubu przez przedsiębiorstwo Grupo Salinas. Tam już w pierwszym sezonie zajął szóste miejsce w lidze, dzięki czemu zespół po raz pierwszy w historii zakwalifikował się do międzynarodowych rozgrywek – Copa Libertadores. Tam ekipa Jaguares została jedną z rewelacji rozgrywek i dotarła do ćwierćfinału, pokonując po drodze wyżej notowane zespoły takie jak brazylijski SC Internacional (1:0), odpadając dopiero po minimalnej porażce w starciu z paragwajskim Cerro Porteño (1:1, 0:1). Ogółem szkoleniowcem Jaguares Cruz pozostawał przez trzy lata, nie odnosząc jednak większych sukcesów na arenie krajowej – na sześć sezonów trzykrotnie awansował do ligowej fazy play-off, za każdym razem odpadając z niej w ćwierćfinale. Odszedł z klubu w maju 2013, kiedy to zespół został rozwiązany, sprzedając swoją licencję ekipie Querétaro FC.