Lista wyposażenia dodatkowego obejmuje m.in. elektrycznie sterowany szyberdach, alarm, halogeny, rozbudowany system audio (ze wzmacniaczem), zmieniarkę CD, skórzaną tapicerkę, podgrzewane przednie fotele i kanapa tylna, elektrycznie regulowane przednie fotele z funkcją pamięci ustawień fotela kierowcy, tempomat i Saab Car Computer.
Wersje specjalne Viggen – W marcu 1999 roku w Nowym Jorku zaprezentowano limitowaną wersję Viggen (szw. piorun, grzmot). Wersją nazwano na cześć myśliwca Saab JA-37 Viggen. Pojazd wyposażono w turbodoładowany czterocylindrowy silnik benzynowy o pojemności 2.3 l i mocy 225 KM (od 2000 roku moc wzrosła do 230 KM). Przyśpieszenie od 0 do 100 km/h zajmowało mu 6,4 s, a prędkość maksymalna została ograniczona elektronicznie do 250 km/h. Od zwykłej wersji Saaba 9-3 różniła go turbosprężarka Mitsubishi TD04-HL15-5, dzięki której podniesiono ciśnienie do 1,4 bara, oprogramowanie komputera sterującego pracą silnika (ECU) oraz zmodyfikowane sprzęgło wraz z dociskiem i wytrzymalsze półosie. Pojazd dostępny był w każdej wersji nadwoziowej wyłącznie w czterech kolorach: żółtym, srebrnym, czarnym oraz niebieskim. Dodatkowo Viggen otrzymał powiększony tylny spojler, charakterystyczne 17-calowe alufelgi, inny zderzak przedni i tylny, a także nakładki i progi oraz obniżone zawieszenie.