Historia Jagiellonia została założona w Wiedniu z inicjatywy polskich studentów k.k. Hochschule für Bodencultur (m.in.: Albina Grabowskiego i Raula Puszet de Pugeta). Celem działalności było wychowanie w duchu patriotyzmu, koleżeńskości, karności i zasad rycerskich. Korporacja miała obszerną kwaterę przy Dittesgasse 12. Do istotnych elementów wychowania korporacyjnego należała znajomość kultury i historii Polski, znajomość szermierki, śpiew. W 1914 r. odbył się uroczysty komersz z okazji 4 rocznicy założenia. W 1918 zapadła decyzja o przenosinach do Warszawy, zawieszona do czasu zakończenia wojny. Korporacja nakazała swoim członkom wstąpienie do tworzących się polskich formacji wojskowych. W 1920 Jagiellonia przeniosła się do Warszawy. Afiliowana początkowo przy Politechnice Warszawskiej, zrzeszała również studentów z innych wyższych uczelni stolicy, głównie młodzież z rodzin ziemiańskich. Członek współzałożyciel Związku Polskich Korporacji Akademickich (1921). Od 1934 afiliowana przy Szkołą Główną Gospodarstwa Wiejskiego. Jagiellonia zawarła kartele z Arkonią (1922), Konwentem Polonia (1928) i Welecją (1983). W 1935 r., została opublikowana starannie wydana i bogato ilustrowana Księga XXV-lecia Jagiellonii.