27 lutego 1931 król Alfons XIII mianował swojego kuzyna Alfonsa szefem sztabu hiszpańskich sił powietrznych i dowódcą pierwszego oddziału lotniczego.

W 1931 ustanowiono drugą republikę hiszpańską, a Alfons udał się na wygnanie do Londynu. Rok później powrócił do ojczyzny i został uwięziony w Villa Cisneros (obecnie Ad-Dachla, Sahara Zachodnia). 1 stycznia 1933 Alfons razem z trzydziestoma innymi monarchistami uciekli łodzią i dopłynęli do Lizbony. W 1937, po wybuchu hiszpańskiej wojny domowej, Alfons powrócił do ojczyzny i został dowódcą sił powietrznych generała Francisco Franco. Po wojnie otrzymał stopień generalski, a w 1940 został mianowany dowódcą drugiej dywizji sił powietrznych. Ze stanowiska zrezygnował w 1945.

Przez wiele lat Alfons był nieoficjalnym reprezentantem hrabiego Barcelony – syna i następcy obalonego króla Alfonsa XIII. W 1941 Alfons został ojcem chrzestnym młodszego syna hrabiego – Alfonsa. W 1945 wsparł manifest hrabiego, w którym domagał się przywrócenia monarchii – to zakończyło jego karierę wojskową. Od tej pory Alfons pilotował już jedynie samoloty cywilne.