6 września 1941 Janusz Albrecht został zmuszony do popełnienia samobójstwa przez członków polskiego podziemia. Janusz Albrecht udał się na umówione spotkanie ze Stefanem Grotem Roweckim w celu omówienia propozycji Niemców. Po przybyciu na miejsce spotkania w mieszkaniu zamiast Stefana Roweckiego znajdowało się kilku uzbrojonych członków polskiego podziemia, którzy przekazali Albrechtowi list od Stefana Roweckiego o treści: Kochany Januszu! Poszedłeś za daleko. Myślę, że znajdziesz właściwe rozwiązanie. Ściskam cię. Stefan. Janusz Albrecht po napisaniu listu pożegnalnego do żony i dzieci popełnił samobójstwo, zażywając cyjanek podany przez członków polskiego podziemia. Pochowany na Cmentarzu Czerniakowskim w Warszawie (sektor I-15-20).

W działalności konspiracyjnej w okresie II wojny światowej była zaangażowana również jego rodzina: żona Maria, z domu Pawłowska (1895–1982), ps. „Maria” i „Ciocia Maryla”, była żołnierzem batalionu AK „Wigry”, organizatorką pomocy dla więźniarek obozu na Majdanku, wiceprezesem Polskiego Białego Krzyża;