7 czerwca 2005 w soborze Chrystusa Zbawiciela w Moskwie miała miejsce jego chirotonia na biskupa wiaziemskiego, wikariusza eparchii smoleńskiej i kaliningradzkiej. Głównym konsekratorem był patriarcha moskiewski i całej Rusi Aleksy II. 31 marca 2009 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego przeniósł go do eparchii moskiewskiej w charakterze biskupa pomocniczego z tytułem biskupa bronnickiego. Duchowny został również proboszczem cerkwi Narodzenia św. Jana Chrzciciela w dzielnicy Priesnia w Moskwie. Od 6 października 2010 r. biskup Ignacy (Punin) przewodniczył synodalnemu oddziałowi ds. młodzieży. Był również odpowiedzialny za parafie położone w zachodnim okręgu administracyjnym MoskwyЖурнал Московской Патриархии, luty 2011, s.29, od grudnia 2011 r. jako zwierzchnik wikariatu zachodniego eparchii moskiewskiej miejskiejРаспоряжением Святейшего Патриарха Кирилла назначены управляющие епархиальными викариатствами г. Москвы.
W 2013 r. został pierwszym ordynariuszem nowo utworzonej eparchii wyborskiejЖУРНАЛ № 16.