Na Saharze znajdują się słone jeziora okresowe, nazywane szottami lub sebkami.
Znajdująca się na Saharze w granicach Nigru wyżyna Aïr wraz z pustynią Ténéré wpisane są na Listę światowego dziedzictwa UNESCO.
Klimat Sahara charakteryzuje się klimatem zwrotnikowym skrajnie suchym. Średnia roczna suma opadów wynosi od kilku mm do 100 mm w górach i do 200 mm na północnych i południowych granicach pustyni. Na większej części Sahary pojawiają się sporadyczne (występujące z kilkuletnimi przerwami) silny ulewy. Na skutek małej wilgotności powietrza i niewielkiego zachmurzenia temperatura wykazuje silne wahania dobowe i roczne. Średnia temperatura w styczniu waha się między 9–12°C, w lipcu między 33–38°C. W dzień temperatura może przekraczać 50°C, a w nocy spaść poniżej 0°C. Południowa część Sahary jest zaliczana do najgorętszych regionów Ziemi.
Między 8 a 3 tys. p.n.e., dzięki cyklicznym deszczom monsunowym Sahara była obszarem zdatnym do życia. Po zaniku deszczy Sahara zaczęła pustynnieć, a ludność zamieszkująca ten obszar w większości wycofała się na inne tereny.