W 2001 poślubił Victorię Vantoch, która jest antropologiem, dziennikarką i historykiem seksualności człowieka, autorką książek w tej dziedzinie. Para ma syna Westa Anaximandera Collinsa (ur. 23 września 2010) i córkę Maison Marie Collins (ur. 25 września 2012).
Collins pisze wiersze. Dwa z nich, Baby Pants i Old Bones, zostały opublikowane w czasopiśmie „Columbia Poetry Review” w 2008.
Misha Collins to zapalony twitterowiec, którego wpisy śledzi przede wszystkim wielu fanów Nie z tego świata. Zdobył nagrodę Best of Twitter 2009.
Wraz ze swoją małżonką napisał książkę kucharską, zawierającą przepisy na posiłki dla całej rodziny, szczególnie dla niejadków. Nosi tytuł The Adventurous Eaters Club: Mastering the Art of Family Mealtime i ukazała się 5 listopada 2019.
Działalność charytatywna Collins jest współzałożycielem i prezesem zarządu Random Acts of Kindness, organizacji non-profit mającej na celu szerzyć dobrodziejstwo na całym świecie. Aktor, w 2011 roku założył The Greatest International Scavenger Hunt the World Has Ever Seen (GISHWHES), czyli Największe Międzynarodowe Podchody Jakie Świat Kiedykolwiek Widział. W 2012 GISHWHES pobił rekord świata za wszelkie datki i akty dobroci, a oprócz tego, wielokrotnie uczestnicy wpisali się w księdze Guinnessa.