Pracując w szkole prowadzonej przez elżbietanki − Zakład św. Agnieszki − ks. Altaner studiował dalej na Uniwersytecie Wrocławskim. W 1911 obronił pracę doktorską Venturino von Bergamo OP 1304-1346. Eine Biographie. W tym samym roku został wikariuszem w Lubaniu. W 1912 przeniesiono go do Gliwic, gdzie podjął pracę pedagogiczną w tamtejszych szkołach średnich. W 1918 kard. Adolf Bertram udzielił mu pozwolenia na otwarcie przewodu habilitacyjnego, jednocześnie czyniąc go wikarym we wrocławskiej katedrze. Kolokwium habilitacyjne na podstawie pracy Der Armutsgedanke beim heiligen Dominikus odbyło się 24 października 1919.

Po nałożeniu ekskomuniki na ks. prof. Josepha Wittiga w 1925 ks. Altaner rozpoczął wykłady z patrologii i starożytnej historii Kościoła jako profesor nadzwyczajny. W semestrze 1928−1929 wykładał historię Kościoła i prawo kościelne na państwowej Akademii w Braniewie. Katedrę starożytnej historii Kościoła i patrologii w Uniwersytecie Wrocławskim ks. Altaner otrzymał w październiku 1929. Od tego momentu otrzymał tytuł profesora zwyczajnego. W latach 1927−1933 współredagował Breslauer Studien zur historischen Theologie. W roku akademickim 1931−1932 wybrano go dziekanem Wydziału Teologii Katolickiej. Po dojściu do władzy Adolfa Hitlera ks.