Podczas kampanii wrześniowej służył w 3 pułku lotniczym w stopniu sierżanta. Jako pilot 31. eskadry rozpoznawczej wykonywał loty na rzecz Armii „Karpaty”. 3 września wykrył niemieckie kolumny pancerne wkraczające na teren Polski ze Słowacji. 6 września wziął udział w dwukrotnym nalocie na niemieckie kolumny poruszające się szosą Jędrzejów—Kije. Następnego dnia, podczas lądowania na lądowisku Cieszanów k. Rawy Ruskiej, uszkodził podwozie Czapli. W tej kraksie nie odniósł obrażeń. 9 września, w załodze z ppor. obs. Adamem Szjdzieckim bezskutecznie poszukiwał sztabu Armii „Karpaty.
Po zakończeniu walk w Polsce przedostał się na Zachód. W Wielkiej Brytanii wstąpił do Polskich Sił Powietrznych, otrzymał numer służbowy RAF 780420. W 1940 r. otrzymał przydział do dywizjonu 301, po ukończeniu w 1941 r. tury lotów bojowych trafił do 138 dywizjonu specjalnego przeznaczenia RAF. W nocy 7 na 8 listopada 1941 był członkiem załogi pierwszego „polskiego” samolotu w barwach RAF, który wykonał lot nad okupowaną Polskę. Pilotowany przez niego samolot typu Halifax musiał przymusowo lądować w Szwecji, załoga została internowana. Na początku 1942 Sobkowiaku powrócił do Anglii.