Po wybuchu powstania został prezesem Wydziału Zarządzającego Prowincjami Litwy. 31 lipca 1863 roku, wskutek denuncjacji marszałka gubernialnego wileńskiego Aleksandra Domeyki, został aresztowany. W 1865 r. skazany na 12 lat ciężkich robót w Usolu, po trzech latach przeniesiony do Irkucka, gdzie handlował obuwiem. W 1872 roku zezwolono mu na powrót do kraju. Zamieszkał w Suwałkach, potem w Warszawie. W latach 1880–1882 był radcą w Dyrekcji Głównej Towarzystwa Kredytowego Ziemskiego. W 1882 otworzył księgarnię antykwarską, której zasoby zasiliły bibliotekę Branickich.
Był autorem obszernych PamiętnikówPamiętniki Jakóba Gieysztora z lat 1857–1865 poprzedzone wspomnieniami osobistemi prof. Tadeusza Korzona oraz opatrzone przedmową i przypisami. tom 1 tom 2 Wilno 1913., stanowiących cenne źródło do historii lat 1857–1865. Pochowano go na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 72-3-1).
Przypisy
Bibliografia Jakub Gieysztor, Lwów 1888 Henryk Mościcki, Jakub Gieysztor, w: Polski Słownik Biograficzny, t. VII, Kraków 1948–1958, s.