Wybuch wojny ograniczył rozwój placówki. Zofia Wędrychowska-Papuzińska, wbrew intencjom władz okupacyjnych starała się utrzymać bibliotekę. Księgozbiór zmniejszał się z powodu selekcji zarządzonej przez władze okupacyjne (polecono usunąć wszystkie książki historyczne). W czasie okupacji niemieckiej w latach 1940 – 1942 w bibliotece rozwinięto działalność pedagogiczną i kulturalno-oświatową czytelników. Kierowniczka przekazywała dzieciom treści wykreślone przez okupanta z programów szkolnych.
Koło Stałych Czytelników brało udział w pracach społecznych: zbierało książki, przepisywało książki dla najmłodszych, opiekowało się przedszkolem, organizując dla dzieci zabawę choinkową z upominkami, współpracowało z PCK. Biblioteka odgrywała rolę centrum kultury, a także drugiego domu, miejsca azylu dla dzieci w latach okupacji.