Sztandar W październiku 1958 roku Dowódca Warszawskiego Okręgu Wojskowego gen. Józef Kuropieska wręczył jednostce sztandar wraz z aktem nadania. W dniu 15 czerwca 1996 r. Jednostka otrzymała nowy sztandar ufundowany przez społeczeństwo miasta i gminy Niepołomice. Rodzicami chrzestnymi zostali: były dowódca batalionu – Bolesław Bojdak oraz Maria Solarz.
Wygląd sztandaru jest zgodny z ustawą z 19 lutego 1993 o znakach Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej. Na stronie głównej w środku wieńca umieszczony jest wizerunek orła białego z głową zwróconą do drzewca. Pomiędzy ramionami krzyża kawalerskiego, w rogach płatu, są umieszczone wieńce wawrzynu, a w ich polach liczba „6” będąca numerem batalionu. Na stronie odwrotnej, pośrodku wieńca umieszczony jest w trzech wierszach napis „Bóg Honor Ojczyzna”.