Represje spadły również na ludność żydowską. 4 września dowództwo Einsatzgruppe V ustanowiło dwóch pełnomocników dla ok. 600-osobowej grudziądzkiej gminy żydowskiej, których zobowiązano do sporządzenia w ciągu 14 godzin imiennego wykazu członków gminy oraz posiadanego przez nich majątku. Na Żydów nałożono też kontrybucję w wysokości 20 000 złotych. 6 września w całym mieście wywieszono plakaty wzywające Żydów oraz mieszańców I i II stopnia (mischlingów), aby zgłaszali się do siedziby Einsatzgruppe V urządzonej w szkole przy ulicy Młyńskiej 19. Na wezwanie stawiło się ok. 100 osób, które zostały natychmiast aresztowane. Zatrzymanych Żydów ograbiono, a następnie wywieziono w nieznanym kierunku. Prawdopodobnie zostali oni zamordowani w pobliskich lasach koło wsi Mniszek-Grupa.
Einsatzgruppe V operowała w okolicach Grudziądza mniej więcej do 21 września, po czym przeszła na tereny centralnej Polski. Wkrótce później w mieście ulokowano jedną z filii Einsatzkommando 16 – specjalnej grupy operacyjnej utworzonej na bazie gdańskiego Gestapo, której podstawowym zadaniem była likwidacja polskiej inteligencji na terenach okupowanego Pomorza (26 września). Ponadto w okupowanym Grudziądzu szybko zainstalowały się organy niemieckich władz policyjnych, państwowych i partyjnych.