2 lipca 1889 w Karlsruhe poślubił księżniczkę badeńską Marię. Para nie miała dzieci. W okresie swoich rządów cieszył się wielką popularnością. Podobnie jak Jerzy II Sachsen-Meiningen był wielkim patronem teatru i miłośnikiem opery. Książę zmarł w ostatnim roku I wojny światowej. Po śmierci Fryderyka II jego następcą został młodszy brat Edward, który przewodził księstwem tylko przez kilka miesięcyRalf Regener, Der Sturz der Askanier 1918 in Anhalt. Bedingungen, Verlauf und Nachwirkungen des Untergangs einer kleinstaatlichen deutschen Monarchie, Dessau-Roßlau 2013, s. 50–55.
Fryderyk II był odznaczony między innymi pruskimi Orderem Świętego Jana i Orderem Orła Czarnego, saskim Orderem Korony Rucianej, bawarskim Orderem Świętego Huberta i duńskim Orderem Słonia. Wielki mistrz anhalckiego orderu domowego Alberta Niedźwiedzia.
Genealogia Prapradziadkowieks. Anhalt-Dessau Leopold III
(1740–1818)
∞1767
Ludwika von Brandenburg-Schwedt
(1750–1811)landrgraf Hesji-Homburga Fryderyk V
(1748–1820)
∞1768
Karolina Heska-Dermstadt
(1746–1821)kr. Prus Fryderyk Wilhelm II
(1744–1797)
∞1769
Fryderyka Ludwika Heska-Dermstadt
(1751–1805)w. ks. Meklemburgii-Strelitz Karol
(1741–1816)
∞1768
Fryderyka Karolina Heska-Dermstadt
(1752–1782)ks.