Purkyně, oprócz dokonań na polu medycyny, był wybitnym lingwistą, założycielem Towarzystwa Literacko-Słowiańskiego we Wrocławiu, znawcą m.in. języka łużyckiego. Był także jednym z przedstawicieli czeskiego odrodzenia narodowego. Późniejsza jego działalność w Pradze, dokąd przeprowadził się w 1850, miała głównie charakter polityczny. Z jego inicjatywy Macierz Czeska w 1853 rozpoczęła wydawanie czasopisma popularnonaukowego „Živa”, którego został redaktorem naczelnym.
Pochowano go w Pradze na Wyszehradzie.
Upamiętnienie Imię J.E. Purkyniego nosiła czeska Wojskowa Akademia Medyczna w Hradcu Králové, a obecnie nosi uniwersytet w Ústí nad Labem, jedna z ulic w centrum Wrocławia, a także planetoida (3701) Purkyně.
Jego nazwiskiem określa się włókna Purkiniego w komorach serca, komórki Purkiniego w mózgu oraz zjawisko Purkiniego.
Prace Beiträge zur Kenntnis des Sehens in subjectiver Hinsicht. Praga 1818 Beobachtungen und Versuche zur Psychologie der Sinne. 1823-26 Symbolae ad ovi avium historiam ante incubationem. Breslau 1829 Mikroskopisch-neurologische Beobachtungen. Arch Anat Physiol Wiss Med 12 (1845) 281 Opera selecta. Praga 1848 Gesammelte Schriften. Lipsk 1879 Opera omnia.