Głównymi źródłami wody są wody powierzchniowe. Jednak tylko 24 z 8350 rzek ma długość większą niż 100 km. Wszystkie rzeki spływają do Morza Kaspijskiego na wschodzie kraju. Największym jeziorem jest Sarysu (67 km²), a najdłuższą rzeką Kur (1,515 km), która jest transgraniczna z Armenią. Cztery główne wyspy Azerbejdżanu na Morzu Kaspijskim mają łączną powierzchnię ponad trzydziestu kilometrów kwadratowych.
Od czasu niepodległości Azerbejdżanu w 1991 r. rząd Azerbejdżanu podjął środki w celu ochrony środowiska Azerbejdżanu. Krajowa ochrona środowiska przyspieszyła po 2001 r., kiedy budżet państwa wzrósł dzięki nowym dochodom z rurociągu Baku-Tbilisi-Ceyhan. W ciągu czterech lat obszary chronione podwoiły się i obecnie stanowią osiem procent terytorium kraju. Od 2001 r. rząd ustanowił siedem dużych rezerw i prawie podwoił sektor budżetu przeznaczonego na ochronę środowiska.
Krajobraz mały|Bazardüzü, najwyższy szczyt Azerbejdżanu, widziany z Góry Shahdagh Azerbejdżan jest domem dla wielu różnych krajobrazów.