Wkrótce po wyprawie Kolumba na wyspy przybył Amerigo Vespucci, który w 1499 roku przemocą porwał 255 osób i zabrał ich do Hiszpanii. W kolejnych latach wyspy odwiedzali europejscy handlarze niewolników, którzy porywali pierwotnych mieszkańców wysp i wywozili ich na tereny Haiti i Dominikany. Część z porwanych, która przeżyła podróż, była zmuszana do niewolniczej pracy. W 1508 roku Hiszpania oficjalnie zalegalizowała porywanie niewolników na tych terenach. W 1517 roku gubernator Kuby Diego Velazquez wysłał dużą wyprawę na wyspy w celu pozyskania niewolników. W wyniku działań Hiszpanii wyspy zostały całkowicie wyludnione w latach 1520–1533.
W 1648 roku na wyspie rozpoczęła się kolonizacja angielskich purytanów. Jej początkiem była wyprawa z Bermudów na Bahamy. Nie wiadomo dokładnie, gdzie Sayle zszedł na ląd. Anglik nazwał wyspy Eleutheria (od greckiego terminu określającego wolność). Początki kolonizacji były trudne, Sayle i część początkowych osadników powróciło po kilku latach na Bermudy. W 1666 na Bahamy przybyła kolejna angielska wyprawa kolonizacyjna z Bermudów, tym razem na wyspę New Providence. Wyspy były przedmiotem sporu między Wielką Brytanią a Hiszpanią, która nie uznała angielskiej kolonizacji.