W 1784 roku Moldenhawer udał się do Alcali, aby obejrzeć zbiory tamtej biblioteki i ustalić jakie rękopisy wykorzystano przy przygotowaniu Poligloty kompluteńskiej. Nie znalazł tu żadnych greckich rękopisów Nowego Testamentu, a jeden z bibliotekarzy przyznał, że w roku 1749 zostały sprzedane producentowi petard. Jednak Bowring w 1821 roku podważył wiarygodność relacji Moldenhawera, stwierdzając, że wszystkie greckie rękopisy uwzględnione w katalogu z 1745 nadal istniejąS. P. Tregelles, An Account of the Printed Text of the Greek New Testament, London 1854, s. 5.Bart. D. Ehrman, Przeinaczanie Jezusa. Kto i dlaczego zmieniał Biblię, przeł. M. Chowaniec, Warszawa: CIS 2009, s. 96..
Duńska Biblioteka Królewska W roku 1788 Moldenhawer został głównym bibliotekarzem Biblioteki Królewskiej. Głównym jego zadaniem było powiększenie zbiorów bibliotecznych. Na aukcji książek zakupił za sumę 10 000 talarów łącznie ponad 50 000 tomów pochodzących z prywatnej kolekcji Otto Thotta (1703–1785)E. Gigas, Daniel Gotthilf Moldenhawer Dansk biografisk leksikon, s. 365.. 6159 ksiąg z owej kolekcji wydanych zostało przed rokiem 1530. Drugiego wielkiego zakupu dokonał w roku 1796, kiedy nabył kolekcję Petera Frederika Suhma.