Od sierpnia 1984 służył w cerkwi Przemienienia Pańskiego w Łukinie przy przedstawicielstwie Góry Athos przy Patriarchacie Moskiewskim. Od 1985 był dziekanem ławry Troicko-Siergijewskiej, od 1986 jako archimandryta. W 1988 uzyskał dyplom kandydata nauk teologicznych w Moskiewskiej Akademii Duchownej. W latach 1988–1990 był przełożonym ławry Poczajowskiej. Dzięki jego staraniom monaster ten nie stał się centrum aktywności politycznej i nie przeszedł w ręce Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła PrawosławnegoМОНИТОРИНГ СМИ: Алтарь отечества. Религиовед Николай Митрохин комментирует смену руководства в УПЦ МП.
Biskup 9 grudnia 1990 miała miejsce jego chirotonia na biskupa czerniowieckiego i bukowińskiego (zwierzchnika jednej z największych, pod względem liczby parafii, eparchii w Kościele). W 1991, wskutek konfliktu z metropolitą kijowskim Filaretem o przyszłość Kościoła na Ukrainie (nie popierał jego dążeń do jego autokefalii), został przeniesiony na katedrę iwano-frankowską, ówcześnie grupującą siedem parafii. Biskup Onufry odmówił jednak wyjazdu do Iwano-Frankowska, skupił wokół siebie zwolenników, nie wyjechał z Czerniowców i nie dopuścił biskupa Hilariona (Szukały), desygnowanego na jego następcę, do zarządu eparchii.