Po zajęciu powiatu słupskiego przez wojska radzieckie (1945), mimo że Kościół ewangelicki w regionie przestał funkcjonować, w Główczycach działalność duszpasterską nadal prowadził superintendent Johannes Bartel. Dłużej działali luterańscy lektorzy. Następnie kościół stanowił filiał Ewangelicko-Augsburskiej Parafii pw. Św. Krzyża w Słupsku. Pracowali tu duszpasterze ze Słupska.
Po przejęciu przez katolików parafią od maja 1946 do grudnia 1949 administrowali dwaj oblaci. W 1950 oficjalnie objęli kościół parafialny w Główczycach oraz kościoły filialne. Zastępczo parafią administrował ks. Wojciech Malinowski – proboszcz parafii Zagórzyca. W lutym 1950 pracę duszpasterską w Główczycach podjął jezuita o. Stanisław Mirek, po trzech tygodniach został aresztowany za działalność w Armii Krajowej. Kiedy w 1950 r. ks. Z. Kęsy przejął kościół parafialny oraz przynależny parafii od 1945 kościół filialny pw. św. Józefa w Izbicy, obiekty były dostosowane do sprawowania katolickich nabożeństw.
W 1950 posługę duszpasterską przejęli salezjanie. Liczba wiernych wynosiła wówczas 1917, a w 1959 – 2327 osób.