Po pierwszych sukcesach jednak także i odrodzony Imperator został zepchnięty do defensywy i pokonany.

Krótko po tej przegranej wielu spośród mieszkańców Galaktyki zaczęło mówić o pozostającym organizmie państwowym już nie jako o Imperium, ale o Resztkach Imperium ().

Zawieszenie broni i pokój Do roku 19 ABY powierzchnia Imperium skurczyła się do ośmiu sektorów, którymi zarządzano z planety o kodowej nazwie Bastion, a Marynarka Imperialna, dowodzona przez admirała Pellaeona, liczyła zaledwie dwieście Gwiezdnych Niszczycieli. W tej sytuacji nawet intryga przygotowana przez Moffa Disrę ze współspiskowcami pozorującymi powrót Thrawna nie była w stanie zmienić sytuacji. Jeszcze w tym samym roku podpisano traktat pokojowy między Imperium a Nową Republiką.

Odrodzenie Przez wiele lat obszar Imperium ograniczał się do kilku sektorów galaktyki, a na jego czele nie było Imperatora. Inwazja Yuuzhan Vongów sprawiła, że Wielki Admirał Pelleaon połączył swoje siły z Nową Republiką, a później jej następcą – Sojuszem Galaktycznym. Po zakończeniu wojny Imperium powoli odbudowywało swe siły, dominującą siłą w galaktyce pozostawał jednak Sojusz. W roku 41 ABY na czele państwa stanął Jagged Fel, późniejszy Imperator i założyciel dynastii panującej przez następne dziesięciolecia.