Biskup 22 września 1991 złożył wieczyste śluby zakonne, przyjmując imię Hilarion na cześć świętego mnicha Hilariona Pieczerskiego. 27 września tego samego roku otrzymał godność archimandryty, zaś dwa dni później odbyła się jego chirotonia na biskupa iwano-frankowskiego. W styczniu 1992 metropolita kijowski Filaret wyznaczył go do objęcia zarządu eparchii czerniowieckiej, zaś jego następcą na katedrze iwano-frankowskiej uczynił zajmującego do tej pory katedrę czerniowiecką biskupa Onufrego. Ten jednak odmówił wyjazdu z Czerniowców, zgromadził wokół siebie grupę przeciwników autokefalii i uniemożliwił biskupowi Hilarionowi objęcie nowych obowiązkówS. Plokhy, F. E. Sysyn: Religion and Nation in Modern Ukraine. Toronton and Edmonton: Canadian Institute of Ukrainian Studies Press, 2003, s. 122. ..
W kwietniu 1992, tj. po odsunięciu metropolity Filareta z katedry kijowskiej, został przeniesiony na katedrę chersońską. 23 listopada 1995 otrzymał godność arcybiskupa, zaś w 1996 objął katedrę doniecką. Od 2000 nosi tytuł metropolity.