M. Bellonci, Lukrecja Borgia. Jej życie i czasy, Warszawa 1988, s. 137.. W Wielki Piątek 1497 Giovanni uciekł z Rzymu. Według kronikarzy Pietra Marzetta i Bernarnda Monaldiego Lukrecja, dowiedziawszy się, że jej rodzina planuje zamordowanie Giovanniego, ostrzegła go, co skłoniło pana na Pesaro do ucieczkiM. Bellonci, Lukrecja Borgia. Jej życie i czasy, Warszawa 1988, s. 138.. Część badaczy wątpi w prawdziwość tych relacjiR. Gervaso, Borgiowie, Warszawa 1988, s. 126..
Z Pesaro Giovanni Sforza odmawiał powrotu do Rzymu i domagał się, by przysłano mu żonę. W odpowiedzi papież Aleksander VI rozpoczął starania o unieważnienie małżeństwa córki. Papież dopiął celu 22 grudnia 1497, oficjalnie z powodu nieskonsumowania małżeństwa.
6 czerwca 1497 Lukrecja schroniła się w klasztorze dominikanek San Sisto. W czasie tego pobytu nawiązała romans z Pedrem Caldesem (Calderonem) zwanym Perrotto, jednym z domowników i posłańców papieża. W lutym 1498 Perrotto został zapewne utopiony w Tybrze na polecenie Cezara BorgiiBurcardo, papieski mistrz ceremonii, zapisał, że „Perrotto wpadł nie z własnej woli do Tybru”. Wenecki ambasador Paolo Capello twierdził, że Cezar Borgia zamordował go w obecności papieża. Cristoforo Poggio pisał z Bolonii, że Perrotto został uwięziony za to, że „uczynił ciężarną córkę Jego Świątobliwości, madonnę Lukrecję”;