W 1992 r. został p.o. wiceministra paliw i energetyki. Na początku 1997 r. Menatep w drodze przetargu nabył 45% akcji upadającej państwowej spółki naftowej Jukos, za które zapłacił, według różnych źródeł, od 250 mln do 400 mln USD. Jukos był wówczas zadłużony na 3,5 mld USD. Menatep spłacił dług Jukosu w ramach transakcji kupna spółki. Na restrukturyzację i wyprowadzenie Jukosu z kryzysu potrzeba było 6 lat. Do 2003 Jukos przekształcił się w jednego z liderów światowego rynku energetycznego z kapitalizacją wynoszącą 40 mld USD. W kwietniu 2003 podpisano umowę o fuzji z inną rosyjską spółką Sibnieft, której większość akcji należała wówczas do Romana Abramowicza. Miał to być początek budowy wielkiego koncernu energetycznego Jukos-Sibnieft, czyli JUKSI. Koncern stałby się czwartym, pod względem wielkości wydobycia, prywatnym przedsiębiorstwem naftowym świata. Jednak w grudniu 2003, po aresztowaniu kierownictwa Jukosu, fuzja została przerwana.
W 2001 r. Chodorkowski założył charytatywną fundację Otwarta Rosja, w celu realizacji projektów w zakresie kultury i edukacji oraz rozwoju intelektualnego potencjału kraju.