Za rządów Dżajawarmana VII państwo khmerskie przeżywało okres największego rozkwitu. Dżajawarman VII kilometr od Angkor Wat założył nowe miasto – Angkor Thom, które zostało stolicą państwa. Po jego śmierci państwo stopniowo słabło. Pod koniec XIII w. na zachód od Angkoru zaczęli tworzyć swoje państwo Tajowie, wyparci z Junnanu przez zagony cesarza Kubilaja. W 1432 r., po najeździe tajskim, stolica państwa Khmerów została przeniesiona w okolicę dzisiejszego Phnom Penh. Datę tę uważa się za kończącą angkorski okres historii Kambodży.
Miasto Angkor, mimo że nie odgrywa już żadnej roli politycznej, nie wyludniło się. Europejska legenda o zaginionym, zarośniętym dżunglą mieście nie jest tylko legendą. Świadczą o tym pochodzące z późniejszych okresów reliefy, inskrypcje i inne elementy zabytków Angkoru, a także relacje docierających w te strony podróżników. W 1586 r. do Angkor dotarł kapucyn Antonio da Magdalena, a niedługo po nim inni portugalscy misjonarze: Marcello de Ribadeneyra, Gabriel de San Antonio, Antonio Dorta, Luys de Fonseca. Przypuszczali, że miasto mogło być dziełem Aleksandra Wielkiego lub spuścizną imperium rzymskiego.